Eem-lämpökaudella Itämeri oli yhteydessä Pohjanmereen ja Vienanmereen
Ennen viimeisintä jääkautta oli lämpökausi, jota kutsutaan Eem-lämpökaudeksi. Se oli noin 130 000–115 000 vuotta sitten.
Eem-lämpökaudella valtameren pinta oli korkealla ja Fennoskandia oli saari. Leveät salmet yhdistivät Itämeren altaan Pohjanmereen ja Vienanmereen. Eem-meri oli nykyistä Itämerta suolaisempi.
Suomen nykyisiltä merialueilta ei ole löydetty Eem-meren kerrostumia. Eteläiseltä Itämereltä niitä on kuitenkin löytynyt.
Jääkaudella Itämeri oli mannerjäätikön alla
Viimeisin jääkausi oli noin 115 000–11 700 vuotta sitten. Tuolloin koko Itämeren allas oli ajoittain mannerjäätikön alla. Viimeisintä jäätiköitymistä kutsutaan Veikseliksi. Sen maksimivaihe oli noin 20 000 vuotta sitten. Vielä silloinkin koko Itämeren allas oli useita kilometrejä paksun mannerjäätikön peitossa.
Nykyisen kaltainen Itämeri on siis geologisesti hyvin nuori.
Mannerjäätikkö alkoi vetäytyä Itämeren eteläosista noin 18 000 vuotta sitten, ja se oli vetäytynyt koko Itämeren altaan alueelta noin 10 000 vuotta sitten. Sen jälkeen Itämeren altaalla ei ollut mannerjäätä.
Jääkauden jälkeen Itämeri on ollut vuorotellen järvi ja murtovesiallas
Mannerjäätikön vetäytymisvaiheen aikana ja sen jälkeen Itämeren allas on ollut vuoroin makeavetinen järvi ja vuoroin murtovesiallas.
Baltian jääjärvi alkoi muodostua vetäytyvän mannerjäätikön reunalle noin 18 000 vuotta sitten ilmaston lämmetessä. Jääjärven vedenpinta oli selvästi valtamerta korkeammalla.
Lustosavet kertovat, että tuolloin vuodenajat vaihtelivat voimakkaasti. Kesällä jää suli nopeasti ja hienojakoista aineista kerrostui paksusti. Talvella taas ainesta kerrostui selvästi vähemmän. Baltian jääjärvi-vaihe kesti yli 6 000 vuotta.
Jääkauden jälkeen ensimmäinen murtovesivaihe Yoldiameri alkoi, kun Itämeri yhdistyi Pohjamereen keski-Ruotsin läpi noin 11 700 vuotta sitten. Murtoveden vaikutus oli voimakkainta lähellä meriyhteyttä Pohjanmereen.Vaihe päättyi vajaa tuhat vuotta myöhemmin, kun meriyhteys sulkeutui uudelleen.
Itämeren viimeisin järvivaihe oli Ancylus-järvi. Vaihe alkoi 10 700 vuotta sitten ja kesti vähän alle 2 000 vuotta.
Ancylus-järven ajalta peräisin ovat Itämeren savikerrokset, joissa esiintyy tummempia, sulfidipitoisia juovia.
Litorinameri oli Itämeren viimeisin murtovesivaihe
Viimeisin murtovesivaihe alkoi, kun Itämeri yhdistyi Pohjanmereen Tanskan salmien kautta noin 9 000–10 000 vuotta sitten. Varsinainen murtovesivaihe alkoi Itämeren pääaltaissa vajaat 8 000 vuotta sitten. Itämeren eteläosissa se alkoi hieman aiemmin kuin pohjoisosissa. Tätä vaihetta kutsutaan Litorinamereksi.
Itämeren vesiekosysteemi koki dramaattisen muutoksen, kun vesimassa muuttui fysikaalisesti ja kemiallisesti. Järviolosuhteet vaihtuivat murtovesiolosuhteisiksi hyvin lyhyessä ajassa.
Murtovesivaiheen alku oli suolaisempi kuin nykyinen Itämeri.
Itämeri on ollut nykyisen kaltainen muutamia tuhansia vuosia
Itämeri on ollut nykyisen kaltainen murtovesiallas muutaman tuhannen vuoden ajan. Sinäkin aikana se on muuttunut. Maa on kohonnut, vedenpinta paikoin laskenut ja yhteys Pohjanmereen heikentynyt niin, että veden suolapitoisuus on vähentynyt.
Tulevaisuudessa Pohjanlahti kuroutuu umpeen Merenkurkun kohdalta, kun maa jatkaa kohoamistaan ja jos valtamerten pinnannousu ei kiihdy huomattavasti. Tämä tapahtuu noin 2000 vuoden kuluttua. Tuolloin Selkämeren ja Perämeren välinen yhteys katoaa ja Perämerestä muodostuu Euroopan suurin sisäjärvi, Peräjärvi.
Lue myös Itämeren historiasta Geologia.fi:stä.