Kiteisen kallioperän alueet ovat monimuotoisia
Itämeren pohjoisosissa, kuten Suomen ja Ruotsin rannikko- ja saaristoalueella, merenpohjan kallioperä koostuu pääasiassa ikivanhasta kiteisestä kallioperästä. Kallioperän rikkonaisuus ja heikkousvyöhykkeet jakavat kallioperän pienempiin osiin, eli lohkoihin. Tämä näkyy esimerkiksi Saaristomeren ja Suomenlahden rannikon rikkonaisena ja monimuotoisena maisemana.
Kiteistä kallioperää peittävät mm. Itämeren eteläosissa, Selkämeren ja Perämeren keskiosissa sekä Suomenlahden etelärannikolla nuoremmat sedimenttikivet, jotka usein tasoittavat merenpohjan syvyyseroja. Kiteisen kallioperän alueella merenpohja muodostaakin usein monimuotoisemman ja rikkonaisemman elinympäristön kuin niillä alueilla, joissa sitä verhoavat sedimenttikivet.
Merenpohjan pinnanmuotojen pääpiirteet ovat muodostuneet jo ennen viimeisintä jääkautta
Kiteisen kallioperän ja sedimenttikivien pinnanmuodot, jääkauden kulutus- ja kerrostumistoiminta sekä nykyiset eroosio- ja sedimentaatio-olot ovat yhdessä vaikuttaneet Itämeren pohjan koostumukseen ja -muotoihin. Kuitenkin merenpohjan pinnanmuotojen pääpiirteet ovat muodostuneet jo ennen viimeisintä jääkausiaikaa, kallioperän kehityshistorian varhaisissa vaiheissa.
Itämeri on yksi maailman matalimmista meristä
Itämeri on Euraasian mannerlaatalla sijaitseva sisämeri, joka on yhteydessä valtamereen kapeiden Tanskan salmien kautta. Kokonaisuudessaan mannerjalustalla oleva Itämeri on hyvin matala, sen keskisyvyys on vain 54 metriä, ja se onkin yksi maailman matalimmista meristä.
Altaan mataluuden ja muodon vuoksi Itämeren vesitilavuus on pieni ja vesi vaihtuu hitaasti. Vaikka Itämeri on matala, se on kuitenkin vesitilavuudeltaan maailman toiseksi suurin murtovesiallas Mustanmeren jälkeen.
Itämeren pohja on pääosin tasainen
Itämeren pohja on yleisesti ottaen melko tasainen. Tasaiset alueet ja altaat kattavat kaksi kolmasosaa merenpohjasta. Paikoitellen syvänteissä, kuten Landsortin syvänteessä (459 m), Ahvenanmeren syvänteessä (301 m) ja Selkämerellä (293 m) veden syvyys voi kuitenkin olla jopa useita satoja metrejä.
Muut merenpohjan muodot, kuten merenpohjan laaksot, pienet merimontut ja kapeat kanjonit ovat tyypillisiä tietyillä osa-alueilla.
Itämeren eri alueet eroavatkin toisistaan merenpohjan muotojen ja maisemien perusteella. Jos Itämeren osa-aluejako perustuisi vain pohjan muotoihin, olisivat nuo uudet osa-alueet hyvin erilaisia ja erikokoisia kuin nykyisin tunnetut ja tunnustetut osa-alueet.
Kanjonit ja laaksot ohjaavat virtauksia ja kuljettavat vettä
Ahvenanmeren ja Saaristomeren erityispiirteisiin kuuluvat merenpohjan kanjonit, jotka ovat usein muodostuneita kallioperän ruhje- ja siirrosvyöhykkeisiin. Perämeren ja läntisen Itämeren suurimmat laaksot ja merimontut sijaitsevat yleisesti kallioperän muinaisissa siirrosvyöhykkeissä.
Itämeren pohjoisosassa merenpohjan laaksot ja kanjonit vastaavat maanpäällisten jokilaaksojen merenalaisia jatkeita. Monet näistä ohjaavat pohjanläheisiä virtauksia ja voivat kuljettaa happipitoista ja ravinteikasta vettä alueelta toiselle. Esimerkiksi Saaristomerta halkovat kanjonit pitävät huolta veden vaihdosta Itämeren pääaltaan ja Pohjanlahden välillä.
Tanskan salmissa ja läntisellä Itämerellä kartoitetut laaksosysteemit ovat samansuuntaisia muinaisten jokiuomien ja jäätikköjokien kanssa.
Harjut, riutat, kynnykset ja kohoumat muotoilevat merenpohjaa
Merenpohjan muotoihin kuuluvat myös erilaiset ja erikokoiset kohoumat, kuten harjut, riutat ja kynnykset. Usein merenpohjan kohouman muodostanut alkuperäinen aines esim. moreeni on saven peitossa, erityisesti avomerialueilla. Ne ovat vähemmän kuluneita kuin kohoumat matalammilla alueilla lähempänä rannikkoa, missä aaltoeroosio on voimakkaampaa ja alla oleva materiaali on voinut paljastua. Paikallisesti merenpohjan savikohoumat voivatkin antaa viitteitä alla olevista moreenimuodostumista.
Näitä viimeisimmän mannerjäätikön kerrostamia, vedenalaisia moreenimuodostumia on paljastunut Pohjois-Itämerellä, erityisesti Merenkurkussa. Siellä maankohoaminen paljastaa hitaasti, mutta jatkuvasti syvemmällä olevia merenpohjan kerrostumia virtauksien, aallokon ja jään kulutettavaksi.
Hiekkakohoumat esiintyvät Itämeren alueilla, joissa on suuria hiekkakerrostumia. Esimerkiksi Selkämerellä ja Perämerellä sijaitsevat suuret jäätikköjokimuodostumat, harjut, erottuvat merenpohjan hiekkaisina kohoumina, samoin kuin Natura 2000 -luontotyyppeihin kuuluvat suuret hiekkasärkät.
Kalliokohoumat ovat puolestaan luonteenomaisia saaristoalueille, joiden kiteinen kallioperä on joutunut jääkausiaikana jäätikkökulutuksen kohteeksi.